Der junge Tim begibt sich nach Ryme City, um die Wohnung seines verstorbenen Vaters aufzuräumen. Dort begegnet er Pikachu, dem früheren Partner seines Vaters, der ihm mitteilt, dass sein Vater noch am Leben sei. Gemeinsam mit der Reporterin Lucy machen sie sich auf die Suche nach ihm und stoßen dabei auf eine Verschwörung. Diese beinhaltet sowohl den Mörder von Tims Vater als auch ein rätselhaftes grünes Gas, das die Zukunft von Menschen und Pokémon gefährdet.